El comienzo de la historia muestra la nueva creación de Dr. Robotnik (Metal Sonic). Sonic y Tails están disfrutando de un día tranquilo en la playa (con Tails probando su nueva P.P.C.B) cuando el mensajero del presidente viene pidiendo a Sonic que fuera a su oficina. Una vez allí, descubre que el Doctor Robotnik ha secuestrado al presidente y su hija, para llegar a Sonic y aniquilarlo, y es sorprendido con una Mecha Giant (conocido como Dark Egg en la versión japonesa y Robo Metal en Inglés). Dicho robot apareció en la ciudad utópica de Robotnik, llamada Eggmanland (Robotropolis en doblaje de Inglés) y destierra al doctor, saboteando el generador del robot, que explotará en menos de un día. Robotnik le pide a Sonic que se dirija al País de las Tinieblas para detenerlo. Una vez allí, Sonic derrota al mecha, que resulta ser el propio Robotnik. El doctor atrajo a Sonic a su base con el fin de copiar sus recuerdos, personalidad y conocimientos para su nuevo robot, Hyper Metal Sonic, un robot con forma de Sonic. Este robot adquiriría los recuerdos y sentimientos de Sonic, viviendo la misma vida que el erizo azul.

En la versión en lnglés, las dos regiones del Planeta de la Libertad se conocen como "dimensiones separadas", muy probablemente debido a un error de traducción.
La Tierra del Cielo se compone de un número desconocido de continentes que flotan en la estratosfera del planeta. Todos ellos están conectados a una formación de hielo masivo (denominado en la versión doblada como un glaciar, pero es más probable una montaña), que también sirve para anclarlos a la superficie del planeta por debajo, al igual que el pequeño planeta de Sonic el Erizo CD. De acuerdo con el Nudillos (Knukles) de esta continuidad, si esta red de hielo fuese destruida, la rotación del Planeta de la Libertad lanzaría esa tierra del cielo al espacio exterior, sin duda, matando a todos en él.

La tierra de la oscuridad es el título usado para tratar la superficie real del Planete de la Libertad, un desierto post-apocalíptico en el que sólo se conoce la existencia de un ser vivo: el Dr. Robotnik. La mayor parte de su terreno es montañoso y salvaje, pero Sonic y Tails eventualmente llegar a una ciudad muy moderna, donde ven que las ruinas de los edificios se derrumban en el mar. Aquí es donde se encuentra el imperio de Robotnik, Eggmanland (los puntos de referencia indican claramente que reside en lo que fue una vez Manhattan). La tierra de la oscuridad podría haber obtenidosu nombre debido a las densas nubes que bloquean la mayor parte de la luz del sol. A pesar de su oscuridad, la tierra de la oscuridad es muy verde, pese a que todas sus regiones están llenas de trampas mortales y los robots asesinos diseñado por Robotnik. Sólo se puede acceder de dos maneras: por un torbellino de tipo "portal" en la Tierra del Cielo, o juntando en una zona de deformación, un enlace extradimensional entre dos puntos del Planeta de la Libertad. La ciudad y el aspecto de ese sitio implican que el Planeta de la Libertad es una Tierra post-apocalíptica, pasando luego a ser llamada Tierra del cielo, formada por islas flotantes.